Крім технологій, що використовуються, антивіруси відрізняються друг від друга умовами експлуатації. Вже з аналізу завдань можна зробити висновок про те, що перешкоджання проникненню шкідливого коду повинне здійснюватися безупинно, тоді як виявлення шкідливого коду в існуючій системі - скоріше разовий захід. Отже, засоби, що вирішують ці два завдання повинні функціонувати по-різному.

Таким чином, антивіруси можна розділити на дві великі категорії:

• Призначені для безперервної роботи - до цієї категорії відносяться засоби перевірки при доступі, поштові фільтри, системи сканування трафіку Інтернет, інші засоби, що сканують потоки даних
• Призначені для періодичного запуску - різного роду засобу перевірки за запитом, призначені для однократного сканування певних об'єктів. До таких засобів можна віднести сканер на вимогу файлової системи в антивірусному комплексі для робочої станції, сканер на вимогу поштових скриньок і загальних папок в антивірусному комплексі для поштової системи (зокрема, для Microsoft Exchange)