Після проведення самотестування спеціальна програма, що зберігається в BIOS, починає пошук завантажника операційної системи. Відбувається почергове звертання до наявних у комп'ютері дисків (гнучких, твердих, CD-ROM) і пошук на певному місці (у першому, так званому завантажувальному секторі диска) наявності спеціальної програми Master Boot (програми-завантажника операційної системи).

Якщо диск системний і програма-завантажник виявляється на місці, то вона завантажується в оперативну пам'ять і їй передається керування роботою комп'ютера. Програма шукає файли операційної системи на системному диску й завантажує їх в оперативну пам'ять як програмні модулі.

Якщо системні диски в комп'ютері відсутні, на екрані монітора з'являється повідомлення «Non system disk», і комп'ютер «зависає», тобто завантаження операційної системи припиняється й комп'ютер залишається непрацездатним.

Після закінчення завантаження операційної системи керування передається командному процесору. У випадку використання інтерфейсу командного рядка на екрані з'являється  запрошення  системи до  введення  команд.  Запрошення являє собою послідовність символів, що повідомляють про поточний диск і каталог. Наприклад, якщо завантаження операційної системи було зроблено з диска С:, а операційна система була встановлена в каталог WINDOWS, то з'явиться запрошення:

C:\WINDOWS>

У випадку завантаження графічного інтерфейсу операційної системи команди можуть уводитися за допомогою миші.